Mathieu Lauffray erblickt am 17. Februar 1970 in Paris das Licht der Welt.
Lauffray verrät schon in sehr jungen Jahren sein gesteigertes Interesse am Zeichnen. Nach dem Erlangen des Schulabschlusses geht er an die École des Arts Décoratifs in Paris, wo er zwei junge Studenten kennenlernt: Denis Bajram und Frédéric Contremarche, mit denen er zugleich befreundet ist.
Im Jahr 1995, am Ende seines Studiums, erstellt er das Szenario für die Comicserie Le serment de l’ambre (dt. Der Schwur des Ambers) die von Frédéric Contremarche gezeichnet wird, und das erste Album wird von Delcourt im selben Jahr veröffentlicht. Im folgenden Jahr ermuntert Olivier Vatine ihn, die Cover-Illustrationen zu seinen Adaptionen der Star Wars Comics von Dark Horse Comics zu erstellen. Mathieu Lauffray erschafft dreißig Cover für diese Veröffentlichungen und erstellt gleichzeitig viele Illustrationen für weitere Presseartikel sowie für die Verlage 2 Coqs d’Or und Hachette. Daneben arbeitet er für Dark Horse Comics auch an der Serie X-wing: Rogue Squadron mit. In der Zeit darauf veröffentlicht er in den französischsprachigen Magazinen Casus Belli und Player One und ist in den Jahren 1996 bis 1997 für die führende unabhängige Videospielentwicklungsfirma Darkworks in Paris tätig.
Im Jahr 1997 trifft er Christophe Gans, damals ein junger französischer Filmregisseur, der 1995 den Film Crying Freeman – Der Sohn des Drachen herausgebracht hat. Diesem Film bleibt der Erfolg allerdings versagt. Christophe Gans bietet Lauffray daraufhin eine Arbeit als Zeichner bei seinem ehrgeizigen Spielfilmprojekt Nemo an, dessen Handlung an das Universum des Romans 20.000 Meilen unter dem Meer von Jules Vernes angelehnt ist. Hierfür macht Mathieu Lauffray umfangreiche Entwicklungs- und Grafikarbeiten; aber nach fast zwei Jahren Arbeit an diesem Projekt kommt der Tag, an dem es auf Eis gelegt werden muss.
Von 1999 an erstreckt sich Lauffrays und Gans Zusammenarbeit auf einen anderen Spielfilm, Le Pacte des loups. Für diesen Film ist Lauffray an der Entwicklung vieler neuer Designs und an den Arbeiten am Storyboard beteiligt. Er macht zudem die Detailzeichnungen für die Hauptperson Fronsac, die auf dem realen Naturwissenschaftler Grégoire de Fronsac, der am Hofe König Ludwig XV. weilte, basiert. Dieser Film kommt 2001 mit einem Budget von 29 Millionen Dollar weltweit in die Kinos und hat einen großen Erfolg.
Im Jahr 2000 kehrt Mathieu Lauffray zu den Comics zurück, als er die Serie Prophet mit dem Texter Xavier Dorison beginnt. Die Bände erscheinen in Frankreich bei Les Humanoïdes Associés; auf deutsch unter dem gleichen Titel beim Splitter Verlag. Prophet wird zudem für eine Kinoproduktion von Marco Weber adaptiert. Lauffray ist außerdem für die Colorierung der Reihe Le Troisième Testament von Alex Alice und Xavier Dorison zuständig. Ebenfalls im Jahr 2000 wird er von Darkworks gebeten, Illustrationen und Personen für das Videospiel Alone in the Dark 4 zu erstellen.
Im Jahr darauf erschafft Mathieu Lauffray für Pitof und Jean Rabasse Grafiken für die Vorproduktion des Films Vidocq. 2002 wünscht sich der Filmemacher Doug Headline, der an seinem Spielfilm Brocéliande arbeitet, von ihm, ihn bei den Zeichnungen, die im Geiste des siebzehnten Jahrhunderts in Frankreich entstehen sollen, zu unterstützen. Im Jahr 2003 erscheint bei Humanoïdes Associés der zweite Band der Serie Prophet, wobei Mathieu Lauffray diesmal sowohl zeichnet als auch selber textet.
Ebenfalls 2003 vertraut Pascal Laugier ihm die künstlerische Leitung seines ersten Spielfilms Saint Ange an. Laugier hat Lauffray während der Dreharbeiten zu Le Pacte des loups getroffen und ist der Regisseur der Kurzfilme Tête de citrouilleund 4ème sous sol. Der Horrorfilm Saint Ange selbst wird unter der Regie von Richard Grandpierre und Christophe Gans produziert. Daneben arbeitet Mathieu Lauffray an den Vorarbeiten der Serie Siegfried seines Freundes Alex Alice mit. Siegfried wird ab 2007 als Comic-Serie bei Dargaud erscheinen; zudem ist für 2008 ein animierter Trailer angedacht.
Im Jahr 2005 veröffentlicht er das dritte Album der Serie Prophet. Im gleichen Jahr arbeitet er zudem für Roland Emmerich und John Vincent Puzos an den Entwürfen des Films 10,000 BC mit. 2006 folgt die Fertigstellung des ersten Bandes von Long John Silver, ein bei Dargaud erscheinendes Piratenabenteuer, welchen er mit seinem alten Freund Xavier Dorison anfertigt. Der erste Band erscheint am 18. Mai 2007 in Frankreich. Auf deutsch erscheint die auf vier Alben ausgelegte Serie bei Carlsen.
2007 erstellt er das Cover des Bandes Paroles de Verdun und ein Jahr später das Cover des ersten Bandes von Les Carnets secrets du Vatican.
Im Jahr 2010 arbeitet er wieder einmal mit Christophe Gans zusammen. Diesmal an dem Film Fantomas.